被争议最多的是剧情上破绽百出，有些甚至导演赵宝刚也无法自圆其说，赵宝刚坦言，《夜幕下的哈尔滨》7个编剧，改了4稿，大量逻辑问题已经被修改过了，如今“留给观众讨论”的实在很难改，而且在小说中，王一民的前史和哈尔滨人的日常生活占了大半，这些都很难用镜头语言表现。

为什么王一民这么神？

观众：陆毅塑造的王一民怎么看都像蝙蝠侠、007,飞檐走壁有一身的好功夫。总感觉他太神了，枪都被卸了，“四面楚歌”时还总能把周边的敌人都干掉。

赵宝刚：原著中虽然没写王一民会飞檐走壁，却说他是一个文武双全的人。如此设计，是会让人感觉他太神了，坦率说，让外表帅气的陆毅演王一民就是想把这个人物定义在“酷”上，围绕“酷”而设计一些细节。我知道会引发观众议论，其实我也确实有意想让观众议论一下。如果没有王一民这些特别之处，就和老版一模一样了。对他在这方面的塑造，我有一点玩家的心态。

为什么日本军官这么“谦和”？

观众：看了几集，无论是玉旨雄一、小原等日本军官，还是日本青年玉旨一郎的表现总是那么“谦和”。而日本人总想拉拢做商会会长的卢先生，在日本人面前永远是咄咄逼人的。日本人过于“谦和”、中国人过于“牛气”，在当时的背景下不太符合现实吧？

赵宝刚：这种塑造是符合当时现实的，并没有美化和夸大。我看了大量的书和老照片，我又去哈尔滨采风。其实日军占领东三省后有一个同化过程，他们起初不是打打杀杀，要使中国人信服。但随着抗日战争阶段的改变，他们也在一点点地变。再往后看，观众就不会觉得在美化日本侵略者了，他们的残酷也一点点暴露出来，战争的惨烈性、残酷性会展示无遗。

当时怎么出现了塑钢窗?

观众：王一民从卢秋影办公室逃跑时钻的居然是塑钢窗？怎么感觉剧中戴的口罩、还有用的电话都像今天现代人的东西？

赵宝刚：严格讲，使用的电话是真的，口罩也是真的，当时那个年代已经有这样的电话和口罩了。哈尔滨是当时的小巴黎，它的洋气是今天的人想象不到的。

塑钢窗确实是个遗憾。为了恢复古貌，哈尔滨盖了很多复古的建筑，用的都是塑钢窗户。马迭尔饭店的窗户花大价钱给改了，但也不能都改呀，《夜》剧超支180万元。我们实在没辙，只能这么拍了。

为了追求逼真的感觉，《夜》剧95%都是在哈尔滨实景下拍摄的。一个年代戏全部用实景拍，太难了，到处都是人和现代建筑。所以有很多穿帮镜头都是靠后期电脑技术弥补的。（赵文侠）